この問題は、QSYS_ROOTDIRをシステム変数として設定し、その変数を System path ステートメントに追加することで解決できます。これは「Quartus® Prime 環境変数」セクションのインテル® Quartus® インストール・マニュアルで説明されています。
/content/dam/support/us/en/programmable/kdb/pdfs/literature/manual/quartus-install.pdf
次のリンクには、これらの変数と Windows で設定する方法に関する追加情報が含まれています。