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Qsys プロジェクトには、生成中にブロックシンボルファイル (.bsf) を作成するデフォルトの設定があります。ユーザーが [生成] ボタンをクリックすると、プログラムが実行されて .bsf ファイルが作成され、再度プロジェクトが合成されます。繰り返し警告が表示されるのは、世代別プログラムが複数回呼び出されたためです。
bsf ファイルが必要でない場合は、[Create Block symbol file (.bsf)] オプションのチェックマークを外してツールの複数回起動を防止し、警告を表示しないようにすることができます。