linux-socfpga カーネル 4.1.22-ltsi の SPI IP Linux ドライバー (spi-dw.c) に問題があるため、デバイスツリーの cs-gpios エントリーでスレーブ・セレクトを GPIO にルーティングすると SPI IP は動作に失敗します。
この問題は linux-socfpga-linux カーネル 4.1.33-ltsi で修正されています。
GIT の場所:
https://github.com/altera-opensource/linux-socfpga
Rocketboards.org 版のスプリント版:
https://rocketboards.org/foswiki/Documentation/GSRD170ReleaseNotes