はい。トリプルスピード・イーサネット IP では、Quartus® II ソフトウェア・バージョン 10.1 の LVDS Rx PLL リセット・シーケンスが強化されています。LVDS Rx PLL はtse_lvds_reset_sequencer経由でpll_areset制御されましたが、Tx PLL ではpll_aresetが非アクティブになっています。
2 つの PLL への入力ソースが異なるようになったので、Quartus® II では 2 つの PLL をマージできません。
この問題は、今後の IP で解決される予定です。