はい。Quartus® II ソフトウェア・バージョン 11.0 SP1 で生成されたCyclone® IV E デバイスのコンフィグレーション後 BSDL ファイルに問題があります。
Quartus® II ソフトウェアでデバイスの移行を有効にすると、抽出されたコンフィグレーション後の BSDL ファイルにエラーが表示されます。現在選択されているデバイスで I/O として機能し、対象となる移行デバイスの電源ピンとして機能するピンについては、コンフィグレーション後の BSDL ファイルに含まれていない使用可能な I/O ピンとして印刷されます。
Quartus® II ソフトウェア・バージョン 11.0 SP1 で生成されたCyclone IV E デバイスのコンフィグレーション後 BSDL ファイルのエラーを回避するには、デバイスの移行をオフにします。
この問題は、インテル® Quartus® II ソフトウェア・バージョン 12.0 で修正されています。