不足している制約は、以下のようにトップレベルの Synopsis Design Constraints(sdc)ファイルに追加できます。
set_false_path -[get_clocks {reconfig_xcvr_clk}] から [get_clocks {*|altpcie_hip_256_pipen1b|stratixv_hssi_gen3_pcie_hip|coreclkout}]
set_false_path - [get_clocks {*|altpcie_hip_256_pipen1b|stratixv_hssi_gen3_pcie_hip|coreclkout}] から [get_clocks {reconfig_xcvr_clk}]