Quartus® II ソフトウェア・バージョン 9.0 では、Arria® II GX デバイスを対象とするデザインの専用クロック入力ピンにプログラマブルな弱プルアップ抵抗ロジック・オプションを誤って設定することができ、コンパイル・レポート・ファイルで有効になっている場合にこのオプションを報告します。
ユーザーモード動作時に、専用クロック入力ピンにプログラム可能な弱プルアップ抵抗はありません。プログラマブル弱プルアップ抵抗は、Arria II GX デバイスの I/O 機能に記載されているように、Arria II GX デバイスのユーザー I/Oピンでのみサポートされます (PDF)。
この問題は、将来のバージョンの Quartus® II ソフトウェアで修正される予定です。