この問題を回避するには、/ip/altera/merlin/altera_error_response_slave/altera_error_response_slave_hw.tcl の 264 行目に以下の編集を行ってください。
--before
関連付けられているset_interface_property debug_csr_irq AddressablePoint av
--after
関連付けられているset_interface_property debug_csr_irq AddressablePoint debug_csr
この問題は、今後のバージョンの Quartus® II ソフトウェアで修正される予定です。