アプリケーション・ノート 638 に記載されている手順は、Open Core Plus ライセンスを使用する場合は適切ではありません。
Open Core Plus ライセンスを使用してデザインをコンパイルすると、時間制限のある SOF ファイルが生成されます。
SOF ファイルを設定するには、アプリケーション・ノート 638 に書かれた nios2-configure-sof コマンドの代わりに Quartus® II プログラマーを使用する必要があります。
Quartus® II プログラマーがFPGAを設定した後で、Nios II・コマンド・シェルを開いて「system-console」と入力することができます。