はい。ネイティブ PHY Megawizard で外部 PLL モードを選択する場合™ Arria® V GX および Stratix® V GX デバイスでは、tx_pll_refclkポートは Quartus® II ソフトウェア・バージョン 12.0 SP2 以前では使用可能なポートとして残ります。
外部 PLL モードでは、ext_pll_clkポートのみを使用し、tx_pll_refclk ポートは未接続のままにしてください。
この問題は、インテル® Quartus® II ソフトウェアの今後のバージョンで修正される予定です。