詳細
MAX10 のスピードモードが原因です。基本的に、インテル® Quartus® プログラマーを使用して MAX10 内部フラッシュをプログラミングする場合、従来の JTAG ISP フローを使用することはありません。スピードモードでは、内部フラッシュのプログラミングに役立つスファイルが最初に MAX10 に読み込まれます。これは、GPIO が按分 IP 設計に従い、低い値に落とすことを意味します。
スピードモードに関しては、MAX10 プログラミング時間全体を改善するための強化です。これは、基本的に CRAM にデータ転送 / プログラミングを処理するスラムファイルを設定します。MAX10 は内部フラッシュ・プログラミング中にユーザーモードになっているため、GPIO は ISP モードに従いません。実際には、JTAG ISP モードでは GPIO はトライステートになっている必要があります。
解決方法
この問題は Quartus® II 17.1 で修正されます。