インテル® Quartus® Prime ソフトウェア・バージョン 18.1 以前では、「EPCS/EPCQ ID チェックを無効にする」設定はデフォルトではオフになっています。これにより、FPGAのコンフィグレーション・コントロール・ブロックは EPCS/EPCQ シリアル・コンフィグレーション・フラッシュ・デバイスからの ID のみを認識します。
これにより、フラッシュのプログラミングが 100% 正常に実行された場合でも、電源を入れ直しても、FPGAは Macronix* MX25U または MX66U Flash デバイスから設定できなくなります。
この問題を回避するには、プログラミング・ファイルの変換で「Advanced....」設定の下にある「EPCS / EPCQ IDチェックを無効にする」設定を確認してください。