Basic Local Alignment Search Tool* (BLASTn*/BLASTp*)

An algorithm for comparing primary biological sequence information.

Performance Jumped by Up to 1.44x1

A BLAST* search enables a researcher to compare a query sequence with a library or database of sequences, and identify library sequences that resemble the query sequence above a certain similarity-score threshold.

BLAST is a cornerstone of many bioinformatics tool chains for sequencing genomic data. Industries that rely on this data are transforming rapidly, and the scalabilities of life sciences tool chains are not currently keeping pace with the enormous data growth provided by next-generation sequencing technology.

BLAST looks for similarities (homologs) in a nucleotide or protein query sequence of length n by aligning it against a subject sequence of length m. The NCBI BLAST* application suite supplies two flavors of DNA sequence match-searching applications: nucleotide-based (blastn*-type) and protein-based (blastp*-type).

BLASTn* Performance Results

The Intel® Xeon® processor E5-2697 v2 plus the Intel® Xeon Phi™ coprocessor 7120A are up to 1.44X faster than the Intel® Xeon® processor E5-2697 v2 baseline for BLASTn.

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BLASTp* Performance Results

The Intel® Xeon® processor E5-2697 v2 plus the Intel® Xeon Phi™ coprocessor 7120A are up to 1.25X faster than the Intel® Xeon® processor E5-2697 v2 baseline for BLASTp.

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Configuration Table

System Overview Intel® Xeon® Processor E5-2697 v2 with Intel® Xeon Phi™ Coprocessor 7120A
Platform Intel® R2208GZ4GC platform, 2U chassis, hot-swap drives, 24 DIMMs, 1 750W redundant power supply
CPU/Stepping Intel® Xeon® processor E5-2697 v2, 2.7 GHz , 12 core, 8 GT/s dual Intel® QuickPath Interconnect (Intel® QPI) links, 130W, 3.5 GHz max turbo frequency, 768 kB instr L1 / 3072 kB L2 / 30 MB L3 cache
Coprocessor Intel® Xeon Phi™ coprocessor 7110 and 7120; 61 cores, 1.1 and 1.238 GHz, error-correcting code (ECC) enabled, Intel® Turbo Boost Technology disabled.
Software details Intel® Manycore Platform Software Stack (Intel® MPSS) version — 2.1.6720-13/16/19, Flash* version — 2.1.03.0386
Memory Hynix HMT31GR7BFR-PB*, 64 GB total 8*8 GB 1600 MHZ Reg ECC DDR3
Chipset Rev 4.6, SE5C600.86B.99.99.x069.071520130923
BIOS configuration Default except: Intel® Turbo Boost Technology enabled, Enhanced Intel SpeedStep® Technology enabled, surface-mount technology (SMT) enabled, non-uniform memory access (NUMA) enabled, memory speed 1600 MHz, Note: all prefetchers enabled (this is default)
GigE node adapter Intel® Ethernet Controller I350 (rev 01), 4 Gigabit network connections, only one connection in use
IB switch 36-port switch/rack Mellanox FDR* (model MSX6025F-1BFR), Firmware version: 9_2_4002
IB adapters 36-port switch/rack Mellanox FDR (model MSX6025F-1BFR), Firmware version: 9_2_4002
HDD specs Seagate ST9600205SS* (scsi), 1x600 GB SAS HDD 10k RPM
Operating system Red Hat Enterprise Linux* 6.4

免責事項

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ベンチマーク結果は、「Spectre」および「Meltdown」と呼ばれる脆弱性への対処を目的とした最近のソフトウェア・パッチおよびファームウェア・アップデートの適用前に取得されたものです。パッチやアップデートを適用したデバイスやシステムでは、同様の結果が得られないことがあります。

性能に関するテストに使用されるソフトウェアとワークロードは、性能がインテル® マイクロプロセッサー用に最適化されていることがあります。SYSmark* や MobileMark* などの性能テストは、特定のコンピューター・システム、コンポーネント、ソフトウェア、操作、機能に基づいて行ったものです。結果はこれらの要因によって異なります。製品の購入を検討される場合は、ほかの製品と組み合わせた場合の本製品の性能など、ほかの情報や性能テストも参考にして、パフォーマンスを総合的に評価することをお勧めします。詳細については、http://www.intel.com/benchmarks を参照してください。